La partenza della gara 250 a Brno vede un po' di baraonda alla prima curva, con la caduta del pilota di casa Karel Abraham che si tocca con lo svizzero Thomas Luthi, mentre Roberto Locatelli si mette in prima posizione davanti ad Aoyama e Simoncelli.
Aoyama passa Locatelli, che viene poi superato anche da Simoncelli e Bautista.
Dopo quattro giri Simoncelli recupera ancora posizioni, sorpassando Aoyama e piazzandosi egli stesso in prima posizione, mentre Pasini accorcia le distanze dal gruppo di testa. In questa fase si hanno addirittura otto piloti che si giocano la testa della corsa, tra cui Raffaele de Rosa.
Perde ancora posizioni il giapponese leader del Mondiale Aoyama, superato anche dal rivale Bautista, ora quarto. In vetta è sfida tutta italiana tra Pasini e Simoncelli.
Si ritira Alex Debon per problemi meccanici e poco dopo Mike di Meglio finisce in una via di fuga quando era in procinto di superare Aoyama. Cade anche Bastien Chesaux.
Marco Simoncelli resiste agli attacchi di Mattia Pasini e si prende la sua rivincita della gara del Mugello, finendo a posizioni invertite rispetto al GP d'Italia.
Bautista chiude il podio in terza posizione.
Hiroshi Aoyama chiude in quarta posizione, mantenendo la vetta della classifica generale con 172 punti. In avvicinamento sia Bautista (160) che Simoncelli (140).
Roberto Locatelli (Metis Gilera) e Raffaele De Rosa (Scot Racing) completano le prime sei posizioni.